У морській галузі Євген з 2004 року. Починав як помічник капітану на суднах закордонного плавання. З 2012 р. доєднався до команди ТОВ СП «Нібулон», з якою пройшов шлях від капітану буксиру до директора судноплавної компанії.
З 2017 р. відповідав за розвиток комерційної діяльності та керував флотом ТОВ «Грейн–Трансшипмент».
З перших днів повномасштабного російського вторгнення Євген мобілізувався до лав ЗСУ як командир взводу 59-ої бригади імені Якова Гандзюка. Євген Ігнатенко та його побратими брали участь у звільнені Херсону від російських окупантів. Має відзнаку – орден «За заслуги» ІІІ ступеню.
Морська галузь неодноразово відзначала ефективність та здобутки Євгена. В 2018 та 2019 роках у Національному морському рейтингу України він був визнаний кращим в номінаціях «Прорив року на ринку водних перевезень» та «Відновлення флоту».
З грудня 2020 року – депутат Миколаївської обласної ради та заступник Голови постійної комісії з питань промислової політики, підприємництва, транспортної інфраструктури, водного комплексу, енергетики, зв’язку та цифровізації.
Відтепер перед Євгеном поставлене завдання вдосконалити діяльність Адміністрації судноплавства, забезпечити її ефективне та прозоре функціонування в умовах військового часу. Його досвід як військовослужбовця, моряка та управлінця галузі водного транспорту стане в нагоді у подоланні викликів сьогодення.
Євген Ігнатенко замінив на цій посаді Віталія Кіндратіва.
